La muerte de José y la de Lázaro, su compañero de prisión, eran seguras. Cuando su tía María les envió el almuerzo, Lázaro no quería comer, pero José lo animó, diciéndole: “Vamos comiendo bien, nos van a dar tiempo para todo y luego nos fusilarán. No te hagas para atrás; duran nuestras penas mientras cerramos los ojos”. Ese mismo día, a las 5 y media de la tarde, sacaron a los 2 prisioneros de la parroquia y los llevaron  a la plaza principal, al lado poniente, donde colgaron a Lázaro de un cedro que estuvieron utilizando para las ejecuciones. José fue obligado a estar junto al árbol y presenciar la muerte de su amigo. Entonces se dirigió a los verdugos y con gesto enfático, les dijo: “¡Vamos, ya mátenme!”. Luego, cuando creyeron muerto a Lázaro, bajaron el cuerpo y lo arrastraron al cementerio; ahí, el encargado del panteón, Luis Gómez, les dijo que podían irse, que él se encargaba del entierro, porque se había dado cuenta de que todavía estaba vivo y quería salvarlo. Al caer la noche, sacó del panteón a Lázaro, con gran sigilo, y le dijo que escapara a toda prisa. Así lo hizo, logrando huir, pero unos días después volvió a unirse a las tropas cristeras. En cuanto a José, sólo quisieron asustarlo y lo volvieron a encerrar en la parroquia, en el baptisterio.

Por la pequeña ventana que daba a la calle se asomaba de vez en cuando para ver pasar a la gente. Algunas personas lo reconocían y a veces platicaban con él. Ellos aseguran que José estaba tranquilo y pasaba el tiempo rezando el Rosario y cantando alabanzas a Dios. El viernes 10 de febrero, cerca de las 6 de la tarde, lo trasladaron al Mesón del Refugio, situado por la calle Santiago, frente a la parroquia, que habían convertido en cuartel. Ahí le anunciaron la cercanía de su muerte. De inmediato, José pidió papel y tinta para escribir a su tía María, agradeciéndole su apoyo y ayuda incondicional en la realización de su ideal y pidiéndole que le dijera a su tía Magdalena que le llevara esa misma noche la Comunión. En esa carta se refleja el íntimo gozo de José al saber próximo su martirio: “Muy querida tía: Estoy sentenciado a muerte. A las 8 y media se llegará el momento que tanto, que tanto he deseado. Te doy las gracias de todos los favores que me hiciste, tú y Magdalena. No me encuentro capaz de escribir a mi mamacita, si me haces el favor de escribirle a mi mamá y a María S., Dile a Magdalena que conseguí con el teniente que me permitiera verla por último. Yo creo que no se me negará a venir. Salúdame a todos y tú recibe, como siempre y por último, el corazón de tu sobrino que te quiere y verte desea. ¡Cristo vive, Cristo reina, Cristo impera! ¡Viva Cristo Rey y Santa María de Guadalupe! José Sánchez del Río que murió en defensa de su fe. No dejen de venir. Adiós”.